1С используется некоммерческими организациями для учета и управления финансами. Существуют специально разработанные конфигурации, такие как «1С:Бухгалтерия для некоммерческих организаций», помогающие управлять донорскими средствами, субсидиями и грантами, а также вести отчетность по специальным формам.